PhD / Habilitation theses

PhD thesis in preparation:

  • Lemler, S. Réduction de dimension en analyse de survie. Application en statistique génétique et génomique. PhD thesis, Université d'Évry-val-d'Essonne
  • Whalley, J. Devenir d’un réseau biologique après duplication. PhD thesis, Université d'Évry-val-d'Essonne
  • Kwémou, M. Réduction de dimension en régression logistique, application
aux données Actu-Palu. PhD thesis, Université d'Évry-val-d'Essonne et IRD.
  • Nguyen, V.H. Modèles de mélange semi-paramétriques. Applications aux tests multiples en génétique. PhD thesis, Université Paris Sud Orsay.
  • Bouaziz, M. Développement de méthodologies statistiques pour la détection et la prise en compte des structures de populations dans les études génétiques d'association Genome-Wide. PhD thesis, Université d'Évry-val-d'Essonne.

PhD theses:

  • Léger, J.-B. (2014) Modélisation de la topologie d'un réseau d'interactions d'hôte-parasite par des graphes aléatoires hétérogènes. PhD thesis
  • Channarond, A. (2013) Recherche de structure dans un graphe aléatoire : modèles à espace latent. PhD thesis
  • Cleynen, A. (2013) Analyse de données NGS. PhD thesis
  • Charbonnier, C. (2012) Inférence de réseaux de régulation à partir de données du transcriptome non i.i.d. PhD thesis, Université d'Évry-val-d'Essonne.
  • Jeanmougin, M. (2012) Inférence de réseaux biologiques pour la caractérisation moléculaire de pathologies humaines à partir de données génomiques hétérogènes. PhD thesis, Université d'Évry-val-d'Essonne.
  • Volant, S. (2012) Modèles statistiques pour l'analyse des données transcriptome d'origine tilling-array. PhD thesis, ABIES / AgroParisTech.
  • Bérard, C. (2011). Modèles à variables latentes pour des données issues de tiling arrays. Applications aux expériences de ChIP-chip et de transcriptome. PhD thesis, ABIES / AgroParisTech.
  • Devillers, H. (2011). Statistiques des alignements de génomes complets. PhD thesis, Université d'Évry-val-d'Essonne.
  • Latouche, P. (2010). Classes empiétantes et modèles de mélange de graphes. PhD thesis, Université d'Évry-val-d'Essonne. [http]
  • Rigaill, G. (2010). Développements statistiques et algorithmiques pour l'analyse des cancers du sein de type triple négatif. PhD thesis, ABIES / AgroParisTech.
  • Zanghi, H. (2010). Classification automatique incrémentale de documents hypertextuels. PhD thesis, Université d'Évry-val-d'Essonne. [http]
  • Finkler, A. (2010).  Modèle d’évolution avec dépendance au contexte et corrections de statistiques d’adéquation en présence de zéros aléatoires. PhD thesis, Université Louis Pasteur, Strasbourg. [pdf]
  • Grelaud, A. (2009). Méthodes sans vraisemblance appliquées à la détection de sélection darwinienne et à la prédiction de structure 3D de protéine. PhD thesis, Université Paris IX, Dauphine. [pdf]
  • Bourguignon, P.-Y. (2008) Utilisation des chaînes de Markov à longueur variable pour l'étude de séquences biologiques. PhD thesis, Université d'Évry-val-d'Essonne. [http]
  • Célisse, A. (2008) Tests multiples et validation croisée. PhD thesis, Mathématiques de la région Paris-Sud / Université Paris 11. [ .pdf ]
  • Vergne, N. (2008). Chaînes de Markov régulées et approximation de Poisson pour l'analyse de séquences biologiques. PhD thesis, Université d'Évry-Val-d'Essonne. [ http ]
  • Roquain, E. (2007). Motifs exceptionnels dans des séquences Hétérogènes. Contributions à la théorie et à la méthodologie des tests multiples. PhD thesis, Université Paris XI.
  • Lebre, S. (2007). Analyse de processus temporel d'expression de gènes. PhD thesis, Université d'Évry-Val-d'Essonne. [http]
  • Guedj, M. (2007). Méthodes statistiques pour l'analyse des données génétiques d'association à grande échelle. PhD thesis, Université d d'Évry-val-d'Essonne. [ .pdf ]
  • Mary-Huard, T. (2006). Classification supervisée par SVM: application aux microarrays. PhD thesis, Université de Paris XI. [ .pdf ]
  • Touyar, N. (2006). Etude statistique des répétitions dans des séquences biologiques. PhD thesis, Université de Rouen.
  • Picard, F. (2005). Process segmentation/clustering. Application to the analysis of CGH microarray data. PhD thesis, Université de Paris XI. [ .pdf ]
  • Martin, J. (2005). Prédiction de la structure locale des protéines par des modèles de chaînes de Markov cachée. PhD thesis, Université Paris 7. [ .pdf ]
  • Richard, H. (2005). Problèmes de classification sur les séquences biologiques : prédiction de la localisation cellulaire des protéines. PhD thesis, Université d'Évry-val-d'Essonne. [ http ]
  • Robelin, D. (2004). Détection de courts segments inversés dans les génomes - méthodes et applications. PhD thesis, Université  d'Évry-val-d'Essonne. [ http ]
  • Gusto, G. (2004). Estimation dans un modèle de Hawkes et application à l'étude de la corépartition de motifs le long d'un génome. PhD thesis, Université Paris XI.
  • Nicolas, P. (2003). Mise au point et utilisation de modèles de chaînes de Markov cachées pour l'étude des séquences d'ADN. PhD thesis, Université d'Évry-val-d'Essonne. [http]
  • Nuel, G. (2001). Grandes déviations et chaînes de Markov pour l'étude des mots exceptionnels dans les séquences biologiques. PhD thesis, Université  d'Évry-val-d'Essonne. [ .ps ]
  • Thébaud, O. (2001). Chaînes de Markov dérivantes et analyse de l'hétérogénéité du génome. PhD thesis, Université de l'Université René Descartes, Paris V. [ .html ]
  • Mercier, S. (1999). Statistiques des scores pour l'analyse et la comparaison de sequences. PhD thesis, Université de Rouen. [ .ps ]
  • Muri, F. (1997). Comparaison d'algorithmes d'identification de chaînes de Markov cachées et application à la détection de régions homogènes dans les séquences d'ADN. PhD thesis, Université René Descartes, Paris V. [ .ps ]
  • Nicodeme, P. (1997). Alignement avec des Familles de Séquences Protéiques. PhD thesis, Université Denis Diderot, Paris VII. [ .ps ]
  • Schbath, S. (1995). Étude asymptotique du nombre d'occurrences d'un mot dans une chaîne de Markov et application à la recherche de mots de fréquence exceptionnelle dans les séquences d'ADN. PhD thesis, Université René Descartes, Paris V. [ .ps ]

Habilitations:

  • Birmelé, E. (2011) Étude structurelle des réseaux : modèles aléatoires, motifs et cycle. Habilitation à diriger des recherches, Université d'Évry val d'Essonne.[pdf]
  • Devauchelle, C. (2011) De l'art de résumer pour tenter de comprendre en génomique évolutive. Habilitation à diriger des recherches, Université d'Évry val d'Essonne. [pdf]
  • Matias, C. (2008). Statistique asymptotique dans des modèles à variables latentes. Habilitation à Diriger des Recherches, Université d'Évry Val d'Essonne. [pdf (french)]
  • Nuel, G. (2006). PMC pour les occurrences de motifs dans les séquences markoviennes. Habilitation à Diriger des Recherches, Université d'Évry Val d'Essonne. [http]
  • Schbath, S. (2003). Deux approches mathématiques de l'analyse des génomes : statistiques des comptages de mots et prédictions en cartographie physique /  Two mathematical approaches to genome analysis: statistics of word counts and prediction in physical mapping. Habilitation à Diriger des Recherches, Université d' d'Évry-val-d'Essonne. [PS (french)], [PS (english)].
  • Robin, S. (2002). Répartition de motifs dans des séquences d'ADN / Motifs distribution in DNA sequences. Habilitation à Diriger des Recherches, Université d'Évry-val-d'Essonne. [PS (in french but includes published papers in english)]